De Geuzen veroveren Geertruidenberg in 1573. Prent van Frans Hogenberg (circa 1540-1590).
Bron: Princeton Universiteit, Verenigde Staten.
Op 31 augustus 1573 namen de geuzen veroverden Geertruidenberg in. De Nederlandse opstandelingen keerden zich vanaf 1566 tegen de door Filips II aangestelde Alva. Alva voerde namelijk harde represaillemaatregelen in, zoals de Raad van Beroerte tegen de protestanten, extra belastingen en vervolging en onthoofding van Nederlandse leiders (Egmond en Hoorne). Als reactie op het harde optreden van Alva gingen de watergeuzen als maritieme macht van Willem van Oranje de strijd aan. Op 1 april 1572 namen ze Brielle in. Van daaruit trokken ze op naar andere steden. Vanaf Dordrecht kwamen ze naar Geertruidenberg. De strijd speelde zich voornamelijk af om de steden. Wie een stad in handen had, was over het omliggende gebied, de aanvoerroutes over het water en de handel de baas. De geuzen hielden nogal huis in Geertruidenberg, hoewel hun bevelhebber ter plaatse, hopman Poyet, probeerde ze in toom te houden. De kloosterlingen van het Kartuizerklooster en van Sint-Catharinadaal alsmede de kanunniken van de Geertruidskerk moesten vluchten. De kloostergoederen werden in beslag genomen. De kanunniken behielden de helft van hun bezittingen, dit gedeelte ging naar de Abdij van Thorn, maar de rest was ook voor het Staatse leger. Willem van Oranje maakte in 1575 een begin met de bouw van het Prinsenhof in de stad en met de aanleg van aarden vestingwerken in plaats van de stenen stadsmuren, die overigens voor een deel nog bleven staan. Zijn zonen Maurits en Frederik-Hendrik zetten het werk aan de vestingwerken voort.
Geertruidenberg behoorde tot de Hollandse steden die afgevaardigd waren in de Staten van Holland. Het belang en ook de financiële middelen van de stad waren inmiddels zodanig afgenomen, dat in 1584, het sterfjaar van Willem van Oranje, voor het laatst een afvaardiging werd gezonden, ondanks latere pogingen om dit recht weer in ere te herstellen.
In 1589 kwam de stad opnieuw in Spaanse handen. De katholieke eredienst werd in ere hersteld, maar de situatie werd nooit meer zoals die ervoor was, omdat de vooraanstaande katholieken de stad inmiddels verlaten hadden. Na een beleg in 1593 slaagde prins Maurits erin om Geertruidenberg definitief in te nemen. Opnieuw moesten de katholieken wijken. De Hollandse Gouden Eeuw bracht Geertruidenberg geen voordeel. De stad had te lijden gehad van oorlogshandelingen, overstromingen en pestuitbraken. Hoewel Geertruidenberg op militair gebied als vesting dienst bleef doen, was op bovenlokaal niveau het belang van de stad verloren gegaan.