Muurschildering in de Geertruidskerk uit de katholieke periode. Het stelt Sint Sebastiaan voor, die sterft voor zijn geloof terwijl hij vastgebonden aan een pilaar door pijlen doorboord wordt. Hij was de patroonheilige van onder andere soldaten. Deze schildering verdween tijdens de reformatie onder een witte pleisterlaag en kwam bij de restauratie in de jaren 80 van de twintigste eeuw weer tevoorschijn.
De Geertruidskerk was vanaf 1593 definitief een protestants gebedshuis. Alle paapse zaken moesten verdwijnen: muurschilderingen, beelden en altaren. Hiervoor in de plaats kwam de preekstoel. Voortaan stond het woord centraal. Woorden in de landstaal en niet meer in het Latijn. Tussen 1521 en 1545 vertaalde Luther de Latijnse teksten van de Bijbel in het Duits. Van deze Luthervertaling werden in de zestiende eeuw ook vertalingen in het Nederlands gemaakt, maar hierop kwam kritiek. Een vertaling van een vertaling bracht interpretatieproblemen met zich mee. Liever zag men een rechtstreekse vertaling van de oorspronkelijke handschriften die in het Grieks en Hebreeuws geschreven waren. De Dordrechtse synode, de belangrijkste kerkelijke vergadering van de gereformeerden in ons land, besloot in 1618 zo’n vertaling te laten maken. Aan de Staten-Generaal werd de financiering van dit project gevraagd. Pas in 1626 stemden deze hiermee in en negen jaar later, in 1635, was de Statenbijbel gereed. Na de autorisatie door de Staten-Generaal werden in 1637 200.000 exemplaren gedrukt, die hun weg vonden naar de gereformeerde gemeenten, waaronder ook Geertruidenberg.De witte muren van de kerk leidden de gelovigen niet af van het woord, dat op de centraal opgestelde preekstoel verkondigd werd. Toch had men behoefte aan het op gepaste wijze versieren van de muren. Dit werden de opvallende tekstborden. Deze borden straalden rijkdom en welvaart uit, maar tegelijkertijd werden de gelovigen door de teksten op de borden gemaand tot een deugdzaam leven. De stadsbevolking door het Vissersbord (Godt ghevet al, God voorziet u in alles), het stadsbestuur door het Regentenbord (Audi et alteram partem, hoort ook de wederpartij), de heer van de stad door het Oranjebord (je maintiendray, ik zal handhaven) en de militaire gouverneur door het Van Duivenvoordebord (Godt is mijn hope, vertrouw op God).Lang niet alle inwoners van Geertruidenberg gingen over tot het nieuwe geloof. Iets meer dan de helft bleef katholiek. Voor hen was het een probleem dat ze niet naar de kerk konden. Juist voor de katholieken is het bijwonen van de eucharistieviering en het ontvangen van sacramenten noodzakelijk. Deze heilige handelingen konden alleen door een priester worden verricht. Aanvankelijk gingen de Bergse katholieken naar Oosterhout, maar hieraan werd door het stadsbestuur paal en perk gesteld. In 1645 kreeg de jezuïet Willem Goetgebuur toestemming van het stadsbestuur om zich als missionaris in Geertruidenberg te vestigen. Hoewel hij niet alle sacramenten kon uitvoeren, omdat hiervoor een gewijde (kerkelijke) omgeving nodig was, kon hij wel nooddopen en het sacrament van de stervenden verrichten, zodat men op de juiste katholieke wijze kon sterven, namelijk met vergeving van zonden. In 1686 kocht Cornelis Bank een huis in de Venestraat en stelde dit ter beschikking als katholiek bedehuis. In zijn testament bepaalde hij dat dit huis in katholieke handen moest blijven. Dit woonhuis deed dienst als schuilkerk tot 1767 en werd in 1737 zelfs uitgebreid. In 1767 kreeg de parochie toestemming een schuurkerk in de Venestraat te bouwen. Pastoor Theodorus Hachtiens droeg daar op 27 oktober 1767 de eerste mis op.
Ook in andere plaatsen in de omgeving kwamen schuurkerken, zoals in Made (1671, kruising Kerkdijk en Oude Kerkstraat) en Raamsdonk (1787, Lange Broekstraat).