Blad uit een Sarijs Handschrift, 1475-1500, als voorbeeld van de Moderne Devotie.
Bron: Historisch Centrum Overijssel, Zwolle.
Tot 1573 was Geertruidenberg katholiek. Daarna begonnen de geloofsveranderingen ook hier ingang te vinden, al dan niet van bovenaf opgelegd. Het verzet tegen het toenemende geestelijke verval in de katholieke kerk begon in Nederland in de veertiende eeuw met de Moderne Devotie van Geert Groote (1340-1384), voortgezet door Thomas à Kempis (1380-1472). Zij predikten in het openbaar, eerst in Deventer, en later ook daarbuiten over de door hen gewenste veranderingen in de katholieke geloofsuitoefening. Door de opkomst van de boekdrukkunst werden hun ideeën overal in Nederland verspreid. Het boek dat Thomas à Kempis in het Zwolse Agnietenklooster schreef, getiteld “Over de navolging van Christus” werd zelfs wereldberoemd. Het is niet bekend of ook in Geertruidenberg aanhangers van de Moderne Devotie waren. Wel kan een koppeling gemaakt worden tussen de Moderne Devotie en het Kartuizerklooster ten zuidoosten van de stad. De nieuwe stroming gaf een frisse kijk op religieuze kwesties en beleed met name meditatie en persoonlijke spiritualiteit. Dit zijn zaken die de kloosterlingen aanspraken.
Kerkelijke en wereldlijke gezagsdragers verzetten zich sterk tegen de veranderingen op godsdienstig gebied, omdat zij dit als aantasting van hun macht zagen. Kerk en maatschappij waren toen onlosmakelijk met elkaar verbonden: het hele leven was katholiek, van gewone man tot keizer. Iedere handeling op ieder uur van de dag werd bepaald door kerkelijke voorschriften. Zo zullen ook de klokken van de Geertruidskerk en van de kloosters geklonken hebben bij de missen en de acht gebedstijden per dag en daarmee het levensritme van alle inwoners hebben gereguleerd. Iedereen volgde het godsdienstig getij van bidden en vasten (bijvoorbeeld geen vlees op vrijdag). De kerk was niet alleen godsdienstig belangrijk, maar vormde ook een stevige economische macht in de stad. De elf kanunniken, die ieder een huis hadden in wat nu Elfhuizen heet, bestierden hun eigen huishouden met alles wat daarbij kwam. De rijkdom van de kerk nam toe door het verkopen van bijvoorbeeld aflaten, waarmee gelovigen hun eigen zielenheil of dat van een ander in gedeelten konden veiligstellen. Iedere aflaat zorgde voor een verkorte periode in het vagevuur, de wachtruimte tussen hemel en hel. Ook de twee kloosters, Sint-Catharinadaal en het Kartuizerklooster, drukten hun stempel op de stad.
In de periode van de ketterij en de wrede inquisitie vonden in Geertruidenberg inderdaad vervolgingen en terdoodveroordelingen plaats, maar het staat nergens zwart op wit of deze met geloofszaken te maken hadden. Evenmin is ergens iets over de zogenoemde hagepreken (prediking in de open lucht door hervormingsgezinde geestelijken) of heksenverbranding te vinden.
In 1573 veroverden de troepen van Willem van Oranje Geertruidenberg. Kloosters werden gesloten, kloosterlingen en kanunniken moesten vluchten, kerkelijke goederen vervielen aan de staat, negen priesters werden vermoord en in de Geertruidskerk moesten voortaan protestantse diensten gehouden worden. Tussen 1573 en 1593 kwam de stad weer even in Spaanse en dus katholieke handen, maar na 1593 was de situatie definitief veranderd, hetgeen tijdens het Twaalfjarig Bestand tussen 1609 en 1621 alleen nog maar bevestigd werd. De inwoners die overgingen tot het protestantisme konden in de Geertruidskerk de dienst bijwonen. De inwoners die katholiek bleven, waren gedwongen elders ter kerke te gaan, zoals in Oosterhout.